三亚市档案馆成立于1958年12月，时称崖县档案馆。经崖县委、县人委批准正式成立崖县档案馆。核定编制4人。档案馆既是县委机构，也是县人民政府的机构，直属县委办公室领导，经费和行政编制属县人委办公室管理。

1967年，崖县档案馆机构因文化大革命十年动乱。崖县档案馆被撒销。1969年档案与保密合并，成立保密档案室，人员编2人。1980年成立档案科，1982年12月14日，将崖县档案科改为崖县档案局。1984年6月20日崖县档案馆相应改为三亚市档案馆。1985年3月1日根据市编委[1985]8号文，三亚市档案馆挂“三亚市档案局”的牌子，1985年12月18日三亚市档案局、三亚市档案馆系一套人马，挂两个牌子，局长同时为馆长，副局长为副馆长。核定人员8人。1987年10月25日，三亚市升格为地级市。1988年7月19日。市编字[1988年]2号文正式批准三亚市档案局为正处级事业单位，核定人员编制17人，内设办公室、业务指导科、管理科和编研科。由于当时机构、体制的改革，三亚市档案馆机构没有明确，档案馆的工作由档案局负责管理。1988年10月12日，市编字[1988]43号文，将三亚市档案局改为副处级单位。

1991年7月4日，市编委[1991]53号文同意恢复三亚市档案馆。三亚市档案局和三亚市档案馆一套人马，合署办公，人员内部机构不变，归市政府办公室管理。其主要职能：

1、  贯彻执行档案工作法律、法规和方针、政策。

2、  制定本行政区域的档案事业发展计划和档案工作规章制度并组织实施。

3、  对本行政区域内的档案馆以及其他机关、团体、企事业单位组织的档案工作，进行监督和指导。

4、  组织并指导本行政区域内的档案理论与科学技术研究、档案保护、档案教育、档案宣传以及档案干部的培训工作。